Στα χρόνια της τουρκοκρατίας λειτούργησαν στα Ιωάννινα ονομαστές σχολές με πολλούς από τους ξακουστούς Δασκάλους του Γένους οι οποίες κράτησαν αναμμένη την δάδα του πνεύματος και των γραμμάτων για τον υπόδουλο Ελληνισμό.
Γι’ αυτό και η πρωτεύουσα της Ηπείρου δικαιούται τον τίτλο της κοιτίδας του Νεοελληνικού Διαφωτισμού, τουλάχιστον όσον αφορά τον κυρίως ελλαδικό χώρο.
Το Φοιτητήριο της Μονής Σπανού
Το Φοιτητήριο ήταν ιστορική Ελληνική σχολή στα Ιωάννινα. Ιδρύθηκε το 1282 από τον Μιχαήλ Φιλανθρωπινό Οικονόμο στη Μονή του Σπανού, στο νησί των Ιωαννίνων.
Διευθυντές της Σχολής υπήρξαν διάφορα μέλη της γενιάς των Φιλανθρωπινών, οι οποίοι χρημάτισαν ηγούμενοι και διδάσκαλοι συγχρόνως. Η σχολή έπαψε να λειτουργεί το 1756.
Στην σχολή αυτή δίδαξαν διαδοχικά οι εξής λόγιοι:
1532 Νεόφυτος Φιλανθρωπινός, 1534 Ματθαίος Φιλανθρωπινός, 1542 ο Σακελλάριος της Μητρόπολης Ιωαννίνων, Ιωάσαφ Φιλανθρωπινός 1642 Ιωάννης Φιλανθρωπινός
Στην σχολή αυτή φοίτησαν και αναδείχτηκαν αργότερα αξιομνημόνευτοι άνδρες της εποχής τους:
Πρόκλος μοναχός, συντάκτης του Χρονικού των Ιωαννίνων, Κομνηνός μοναχός, Μακάριος ο Φιλανθρωπινός, Θεοφάνης και Νεκτάριος Αψαράδες, Νήφων Μεταξάς, Μητροπολίτης Ιωαννίνων Παρθένιος ο μικρός.
Η Σχολή Επιφανίου Ηγουμένου
Η Σχολή Επιφανίου Ηγουμένου ήταν από τις πιο ονομαστές σχολές των Ιωαννίνων. Ονομαζόταν Μικρή σε αντίθεση προς την Μεγάλη σχολή του Εμμανουήλ Γκιούμα που ιδρύθηκε αργότερα. Μια άλλη, συνώνυμη σχολή υπήρχε και στην Αθήνα, της οποίας ιδρυτής ήταν επίσης ο Επιφάνιος.
Ιδρύθηκε το 1648 από τον Ηγούμενο Επιφάνιο που είχε αποδημήσει στην Βενετία και λειτούργησε ως το 1758. Πρώτος διδάσκαλος χρημάτισε ο Κερκυραίος Σπυρίδων Τριανταφύλλου, ο οποίος είχε τόσο μεγάλη φήμη, ώστε και αλλόθρησκοι μαθητές φοιτούσαν στην σχολή.
Μετά τον θάνατό του το 1671 τον διαδέχτηκε ο Λεοντάρης Γλυκύς, αδελφός του τυπογράφου Νικολάου στην Βενετία. Επόμενος διδάσκαλος ήταν ο Παρθένιος Κατσούλης, λόγιος και συγγραφέας.
Άλλοι λαμπροί διδάσκαλοι έγιναν ο Μπαλάνος Βασιλόπουλος, ο Τρύφων από το Μέτσοβο, ο Αναστάσιος Μπαλάνος και ο Κοσμάς Οικονόμος Ιωαννίνων.
Η σχολή αργότερα περιέπεσε σε οικονομική δυσχέρεια και αδιέξοδο, και έπαψε να λειτουργεί.
Η Μεγάλη Σχολή του Μάνου Γκιούμα
Η σχολή Εμμανουήλ Γκιούμα ήταν από τις πιο φημισμένες σχολές των Ιωαννίνων.
Είναι γνωστή επίσης με τις ονομασίες Μπαλαναία Σχολή, Μεγάλη Σχολή και Πρώτη Σχολή των Ιωαννίνων.
Ιδρύθηκε το 1676 από τον Γιαννιώτη Εμμανουήλ Γκιούμα, που ήταν έμπορος στη Βενετία. Περίπου 20 χρόνια μετά την ίδρυσή της η εν λόγω Σχολή εμπλουτίστηκε με βιβλία από τον επίσης Γιαννιώτη Γεώργιο Ντίλιο.
Το 1734 ο Λάμπρος Μαρούτσης έδωσε 5.000 δουκάτα προκειμένου να προστεθεί στη Σχολή καθέδρα ιερών και κοσμικών επιστημών, ελληνιστί τε και λατινιστί παραδιδομένων.
Η Σχολή διευθύνονταν από τριμελή επιτροπή και εξαρτιόταν από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Πρώτος σχολάρχης ήταν ο ιερομόναχος Βησσαρίων Μακρής, μαθητής του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου.
Στη συνέχεια σχολάρχες έγιναν ο Μαζαράκης, οι ιερείς Γεώργιος Σουγδουρής και Αναστάσιος Παπαβασιλείου, ο Μεθόδιος Ανθρακίτης και για περισσότερα από 100 χρόνια τα μέλη της οικογένειας Μπαλάνων Μπαλάνος Βασιλόπουλος, Κοσμάς Μπαλάνος, Κωνσταντίνος Μπαλάνος (ο οποίος ονόμασε τη Σχολή Αρχιγυμνάσιον) και Αναστάσιος Μπαλάνος, από τους οποίους η σχολή έμεινε γνωστή και ως Μπαλαναία. Τελευταίος διδάσκαλος ήταν ο Αναστάσιος Μπαλανίδης.
Οι μαθητές της Σχολής ήταν οικότροφοι και είχαν δωρεάν βιβλία και γραφική ύλη. Στη Σχολή φοίτησε ο Ναουσαίος Αναστάσιος Μιχαήλ, ο πρώτος Έλληνας λόγιος και επιστήμονας που καταξιώθηκε στην Ευρώπη.
Το 1820 ο Αλή Πασάς, ενώ τον πολιορκούσαν τα στρατεύματα του Σουλτάνου στα Ιωάννινα, προκειμένου να έχει ανοιχτό πεδίο βολής, διέταξε τον εμπρησμό της πόλης με αποτέλεσμα και την ολοσχερή καταστροφή της Σχολής και της βιβλιοθήκης της, στην οποία υπήρχαν μεταξύ άλλων σπάνια και πολύτιμα χειρόγραφα Ελλήνων συγγραφέων και Πατέρων της Εκκλησίας. Μετά την καταστροφή της η Μπαλαναία Σχολή δεν ξαναλειτούργησε.
Από την Μπαλαναία Σχολή αποφοίτησαν μεταξύ άλλων ο μητροπολίτης Αθηνών Μελέτιος και ο μητροπολίτης Καμπανίας Θεόφιλος.
Η Μαρούτσιος Σχολή
Η Μαρούτσιος Σχολή ή Μαρουτσαία ήταν φημισμένη Ελληνική Σχολή στα Ιωάννινα.
Είχε ιδρυθεί το 1742 από τους Γιαννιώτες Σίμο και Λάμπρο Μαρούτση που είχαν εγκατασταθεί στην Βενετία και ασχολούνταν με το εμπόριο. Ήταν ένα από τους λίγους πνευματικούς φάρους του ελληνισμού.
Διατηρείτο με τα έσοδα που έφερναν οι τόκοι του κληροδοτήματος πέντε χιλιάδων Δουκάτων που είχε καταθέσει ο Λάμπρος Μαρούτσης σε τράπεζα της Βενετίας «προς ίδρυσιν έδρας ιερών και κοσμικών επιστημών ελληνιστί και λατινιστί παραδιδομένων».
Πρώτος σχολάρχης διορίστηκε ο Δάσκαλος του Γένους Ευγένιος Βούλγαρης, ο οποίος άνοιξε νέους ορίζοντες στο πνευματικό στερέωμα της χώρας.
Στην σχολή αυτή είχε συσταθεί σύλλογος από μια ομάδα μαθητών, ο οποίος στο όνομα της Αγίας Τριάδας δια των γραμμάτων θα φρόντιζε περί της ελευθερίας του Γένους. Μέλη της εταιρείας αυτής ήταν ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός, ο διδάσκαλος Τυρνάβου Ιωάννης Πέζαρος και ο Πλαταμώνος επίσκοπος Διονύσιος.
Η σχολή παρήκμασε όταν η Βενετία έπεσε στους Γάλλους και η κατάθεση στην Βενετική τράπεζα το 1797 χάθηκε. Λόγω έλλειψης πόρων έπαψε να λειτουργεί. Στη θέση της ιδρύθηκε η Καπλάνειος Σχολή.
Η Καπλάνειος Σχολή
Η Καπλάνειος Σχολή ιδρύθηκε το 1797 από την ευεργεσία του Γιαννιώτη Ζώη Καπλάνη, στην θέση της Μαρουτσαίας Σχολής.
Ο Καπλάνης, φτωχό παιδί από το Γραμμένο των Ιωαννίνων έγινε πλούσιος έμπορος στην Μόσχα και ίδρυσε την σχολή αυτή το 1797 δίνοντας εν ζωή το σεβαστό κληροδότημα των εκατό χιλιάδων ρουβλίων για να εργάζεται το σχολείο.
Προίκησε την Σχολή με μεγάλη βιβλιοθήκη και άλλα εποπτικά μέσα διδασκαλίας. Κυρίως όργανα φυσικής. Την οργάνωση του σχολείου και την διεύθυνσή του την ανάθεσε στον ξακουστό τότε δάσκαλο Αθανάσιο Ψαλίδα.
Ονομάζεται και Πατριαρχική, επειδή κατοχυρώθηκε το 1805 με σιγίλλιο του Πατριάρχη Καλλίνικου Ε’. Σχολάρχης διορίστηκε ο Αθανάσιος Ψαλίδας.
Η σχολή κάηκε το 1821. Το 1922-1926 ξανακτίστηκε και λειτουργεί σήμερα ως σχολικό συγκρότημα.
Η Νέα Ακαδημία Μοσχοπόλεως
Η Νέα Ακαδημία ή Ελληνικό Φροντιστήριο υπήρξε γνωστό εκπαιδευτικό ίδρυμα που λειτουργούσε στην Μοσχόπολη, ισχυρό εμπορικό και πολιτιστικό κέντρο των Βαλκανίων τον 18ο αιώνα. Είχε χαρακτηριστεί ως ο άκρος στολισμός της πολιτείας και πρωταγωνίστησε στο κίνημα του Νεοελληνικού Διαφωτισμού.
Η Μοσχόπολη, σήμερα μικρό χωριό στην Βόρειο Ήπειρο, υπήρξε σημαντικό κέντρο ελληνικού πολιτισμού τον 18ο αιώνα, κατοικημένο από ελληνόφωνους και βλαχόφωνους πληθυσμούς. Ως κέντρο πολιτισμού φιλοξένησε το δεύτερο ελληνικό τυπογραφείο στα Βαλκάνια το 1730-1731.
Σχολείο στην πόλη λειτουργούσε ήδη από το 1700 με πρώτο διευθυντή τον Χρύσανθο τον Ηπειρώτη από την Ζίτσα Ιωαννίνων. Το 1724 ανέλαβε την διεύθυνση ο Γιαννιώτης Νικόλαος Στίγμης, ενώ από το 1730 και για μικρό διάστημα ο αριστοτελιστής Ιωάννης Χαλκεύς ή Χαλκιάς.
Το 1738 ο λόγιος Σεβαστός Λεοντιάδης, από την Καστοριά τέθηκε επικεφαλής της σχολής. Κατά τη διάρκεια της σχολαρχίας του προστέθηκαν επιπλέον τάξεις και εμπλουτίστηκε το πρόγραμμα των μαθημάτων.
Το 1744 η σχολή ονομάστηκε Νέα Ακαδημία και μεταστεγάστηκε σε νέο μεγαλοπρεπές κτίριο. Σύμφωνα με το ελληνικό εκπαιδευτικό σύστημα που ίσχυε εκείνη την εποχή τον τίτλο της Ακαδημίας έφεραν μόνο εκπαιδευτικά ιδρύματα υψηλού κύρους και ποιότητας υπηρεσιών. Εναλλακτικά ονομάζονταν Ελληνικό Φροντιστήριο.
Το 1750 διευθυντής αναλαμβάνει ο Θεόδωρος Καβαλιώτης που υπήρξε ήδη διδάσκαλός της από το 1743. Η συμβολή υπήρξε ουσιαστική για την αναβάθμιση των υπηρεσιών και την δημιουργία διεθνούς φήμης, όπου διδάσκονταν: γραμματική, ποίηση, φιλοσοφία και θεολογία. Για την ανάγκες των μαθημάτων συνέγραψε και μια σειρά από εγχειρίδια και βιβλία.
Αποφασιστικό ρόλο έπαιξε και η τυπογραφία της Μοσχόπολης που υποστήριζε τη Σχολή και ιδιαίτερα ο ιδιοκτήτης του Γρηγόριος Κωνσταντινίδης, που για ένα διάστημα δίδαξε στην Ακαδημία.
Η Ακαδημία καταστράφηκε κατά το διάστημα του πρώτου κύματος καταστροφής της πόλης από ομάδες μουσουλμάνων Αλβανών (γνωστών στις πηγές του 18ου αιώνα ως Τουρκαλβανών) ατάκτων το 1769.
Παρόλο που η Μοσχόπολη δεν κατάφερε ποτέ να αποκτήσει ξανά την παλιά της φήμη ένα νέο σχολείο ιδρύθηκε στο τέλος του 18ου αιώνα και από το 1802 διευθυντής του υπήρξε ο λόγιος Δανιήλ Μοσχοπολίτης.
Το σχολείο αυτό λειτουργούσε κυρίως με χορηγίες Μοσχοπολιτών της διασποράς, κυρίως του βαρόνου Σίμωνος Σίνα.
Κατά τον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο, το 1916, πυρπολήθηκε μαζί με το μεγαλύτερο μέρος της πόλης και των μνημείων της από ομάδα Αλβανών ατάκτων. Τελευταίος διευθυντής υπήρξε ο Θεόφραστος Γεωργιάδης.